Nel 1483 Marin Sanudo il giovane (1466-1536), bibliofilo e letterato, pubblica l’”Itinerario per la terraferma veneta”, in cui descrive le strutture difensive di Piove (“due man di fosse con l'acqua entro una d'esse”) e parla delle due fiere di Piove: S. Martino e S. Nicolò. Trova molto misere le condizioni della campagna, ovviamente non ancora risollevatasi dalla situazione bellica precedente l'epoca veneziana.
Le modifiche attuate nel complesso sistema idrografico costituito dal Bacchiglione e dal Brenta si ripercossero suI precario equilibrio della laguna veneta, che basava la propria conservazione su uno stabile rapporto fra le acque dolci e le acque salse e su un controllato volume di torbide. Il “Magistrato alle acque” di Venezia fu l'istituzione che costantemente sovrintese ai lavori necessari per preservare il bacino lagunare dall'interramento; essi comportarono l'estromissione dalla laguna delle foci dei fiumi, i quali videro così allungato in misura consistente il proprio percorso. A metà del XV sec. si decise di far sfociare il Brenta a Chioggia, ma tale operazione fu messa in atto solo agli inizi del 1500; lo scavo del Brenton, passando per Corte, univa Dolo a Conche: da qui il Brenta giungeva, insieme al Bacchiglione, attraverso il Canale di Montalbano, fino a Chioggia. La laguna risentì dell'eccessivo apporto di torbide, perciò i due corsi furono di nuovo deviati e la foce spostata da Brondolo. Più che le strade, minacciate sempre da scarsa manutenzione e dal maltempo, nella provincia saranno le vie fluviali quelle privilegiate per gli spostamenti e soprattutto per il commercio.
A partire dal Medioevo si costituirono cinque importanti associazioni di barcaioli, due in Padova (S.Giovanni delle Navi e Ognissanti), a Monselice, a Este (S.Nicolò) e Piove (S.Baseggio), questi esentati fin dal 1005 da tributi che non fossero quelli dovuti per consuetudine al Ducato veneziano (200 libbre di lino annue). Nasce anche un regolamento detto “Mariègola (matricola, raccolta di disposizioni dal 1483 al 1747) delli Barcaruoli de San Baseggio di Piove”. Vi si ricava tra l'altro la notizia della istituzione nel 1483 del traghetto Piove-Venezia, che il numero degli iscritti non doveva superare la ventina, che di volta in volta venivano fissati dei limiti territoriali etc. Le acque dei fiumi, durante i periodi di piena, continuarono a scaricare le proprie torbide nella laguna di Venezia. Fu perciò scavato, tra i I 1603 e il 1611 il Canale Novissimo, che doveva indirizzare queste e le acque del Muson Vecchio (incanalato da Mirano) verso Brondolo. Simili opere ,provocando un rialzamento delle piene con conseguenti rotte e alluvioni, misero in seria difficoltà le popolazioni della terraferma. Lungo i tratti superiori dei fiumi fu necessario rinforzare gli argini, o predisporre bacini di invaso in cui le acque potessero trovare espansione nei momenti di piena. Nel 1721 viene aperto alla navigazione dei barcaroli di Piove il canale che congiunge Corte a Lova.
Nel XV sec. il centro abitato di Piove ha già una sua precisa connotazione edilizia e nella piazza, oltre al Duomo risultano edificati la Casa del Podestà, la Cancelleria, la Stazione del sale, il Fondaco e il Dazio.
Alla fine del XV sec. nasce a Piove l'istituzione del Monte di Pietà (1491). Lo concede il doge Agostino Barbarigo il 17 novembre in base a una “supplica” del Consiglio. Siamo appena a trent'anni dal primo Monte italiano e, sulla scia dell'entusiasmo suscitato dalla predicazione del frate minore osservante Bernardino da Feltre in Padova, anche Piove si dà questa istituzione per limitare l'usura. Tale banca avrà sempre un'amministrazione difficile, su cui vigilerà e interverrà più volte il governo centrale veneziano. Sarà soppresso, come altri enti non aggiornatesi coi tempi, a metà ‘800. Nel XV sec. è funzionante in Piove l'ospizio detto “Domus Dei”, dove ci si prende cura degli orfani avviandoli allo studio. Esiste anche un piccolo ospedale dedicato a S. Maria Maddalena, con una chiesetta. Queste attività caritative assistenziali sono connesse con lo sviluppo delle confraternite laiche. Già operanti quella di S.Martino del Cero (con sede presso il Duomo), quella del Ss. Sacramento (o Corpus Domini), attestato nel 1326. Quelle della Vergine, del Ss.Crocefisso, di S.Giuseppe e altre si svilupperanno dopo il Concilio di Trento, soprattutto nel XVI sec, con declino sul piano sociale e religioso nel ‘700. Napoleone farà sopravvivere solo le più consone al nuovo clima intellettuale e rivoluzionario. Tra la fine del ‘400 e la metà del ‘500 fioriscono nel Piovese numerose istituzioni di ordini religiosi, in coincidenza con la riforma cattolica e l'espansione di ordini religiosi veneziani. Nel 1545 il Consiglio permette a sei monache di Venezia di fondare un Monastero della Ss.Concezione nel quartiere di Santa Giustina. In poco tempo si accresce di molti edifici e per la sua importanza si aggrega il Monastero dei Ss.Angeli (del 1520), fuori porta. Qualche anno prima (1484) era stato fondato iI Convento della Beata Vergine Maria dei Frati Minori Osservanti. La chiesa superstite della Madonna delle Grazie custodisce ancor oggi una “Madonna con Bambino” di Giovanni Bellini. Nel 1513 assistiamo all'ultima devastazione e saccheggio di Piove e delle sue terre nel contesto della lotta tra Venezia e le truppe dell'imperatore Massimiliano, che, scese dal Nord, tentano di occupare il territorio italiano. Alla fine del 1515 si ha a Piove di Sacco il canonicato del chierico Pietro Bembo ottenuto grazie alla sua fama e ai buoni rapporti che Venezia voleva con Roma, ma a scapito della cura d'anime, della Comunità piovese e del primo titolare Valerio Montecchio, reintegrato poi nella prebenda ursurpata grazie a un intervento riparatore dello stesso Bembo all'inizio dei 1519, quando i benefici della Curia e i doni dei pontefice gli procurarono mezzi più che sufficienti per la vita agiata della famiglia e della vecchiaia.
Con il dominio veneziano affluiscono a Piove i nuovi proprietari di ville e soggiorni di campagna, le cui residenze verranno via via inserite nel contesto urbano, alternandosi a numerosi palazzetti borghesi e a più modesti edifici a schiera di due o tre piani abitati da artigiani.
Nel 1547 è attestato l'interesse del Consiglio per l'Ospedale che era diventato negli anni un luogo di ricovero e di assistenza dei poveri e bisognosi, soprattutto piccoli, vedove e “novizie”. Si danno ordinamenti circa il buon utilizzo delle entrate e il reggimento dell'istituzione, attiva fino all’ ‘800. Nel 1576 muore a Pavia dov'era nato (1501) Gerolamo Cardano, scienziato e inventore, che aveva studiato medicina a Padova, esercitandola alcuni anni anche nel Piovese intorno al 1540. Qualche decennio più tardi è attivo a Parigi Arrigo o Enrico Caterino Davila (1576 - San Michele di Campagna, Verona, 1631 ,storico italiano. Piovese di origini, trascorse la giovinezza in Francia, dove partecipò alle guerre di religione. Tornato a Padova, scrisse la “Historia delle guerre civili di Francia” (1630), in quindici libri, dalla morte di Enrico Il al 1598, in cui analizza i conflitti religiosi del suo tempo. Suo è anche un trattato di filosofia, “Il teatro dei mondo”. Fra il 1565 e il 1576 la Congregazione del Ss. Crocefisso edifica la propria chiesa (detta poi di S. Francesco per la vicinanza del più importante monastero francescano), tuttora superstite. E’ l'epoca del rinnovamento delle Confraternite, secondo lo spirito dell'epoca, che vede fiorire la pietà religiosa e l'opera caritativa. Una confraternita di S. Rocco ha un proprio altare presso la chiesa di S.Giustina.
Nei quattro secoli di dominio veneziano la peste infierì sulla popolazione più volte. Molto grave fu la pestilenza portata dalle navi d'Oriente del 1576 e che colpì anche Padova e il padovano.
Più grave fu quella del 1631-32 (dieci volte la mortalità normale). Il Consiglio decise di appellarsi alla Vergine promettendo una solenne processione annua alla Madonna delle Grazie con un voto. Da allora, ogni 6 maggio, la città di Piove, riunita nelle sue componenti laica e religiosa, celebra la Festa del Voto.
In linea coi tempi, nel 1672 presso la chiesa di S.Giustina (detta S. Rocco) è costruito l'oratorio di S. Filippo Neri. Nel XVIII sec. viene eretta la chiesetta di S. Anna. Nel 1708 (o 1712) muore iI francescano Zaccaria Tevo, piovese, vissuto in conventi delle Marche e a Treviso. Maestro di cappella, insegnò musica e scrisse un trattato “Musico testore”. Era nato a Piove il 16 marzo del 1651.
La storia di Piove continua a subire le fortune della Repubblica Veneziana fino alla caduta della Serenissima. Per quanto riguarda il territorio per tutto il Settecento si susseguono interventi e progetti per la sistemazione del Brenta e del Bacchiglione, che però non vanno mai attuati per troppi interessi coinvolti e anche per le spese. Gli eventi di fine secolo e successivi rallenteranno sempre l'esecuzione di interventi generali. Il primo luglio 1797 l'ultimo podestà veneziano lascia Piove, proclamata sede del nuovo governo centrale del padovano e del Polesine. Si susseguono, con la logica delle armi, i governi francese e austriaco fino al 1866 (plebiscito del 21-22 ottobre). I Francesi aboliscono alcune tasse ma moltiplicano perquisizioni e razzie. Provvedimenti impopolari come la soppressione di monasteri secolari e di alcune feste religiose rendono mal tollerato questo governo, già in difficoltà per la situazione disastrosa delle campagne. Vi si cerca di provvedere con un generale catastico (entrato in vigore più tardi, nel 1846). Viene smantellata la proprietà ecclesiastica, favorendo la corsa della borghesia all'acquisto delle terre della Chiesa all'asta. I Francesi tentano anche l'avvio di riforme sanitarie e scolastiche.
Gli austriaci rientrati definitivamente nel 1813 cercano di migliorare il territorio con opere pubbliche, fra cui la sistemazione della strada per Padova. Anche il centro di Piove cambia volto, con demolizioni, restauri e selciatura delle vie ottenuta demolendo la Torre Rossi (1820) e quella del Panico (1827). Dopo la breve pausa della insurrezione politica del 1848 (22 marzo) sotto gli auspici di Daniele Manin e Nicolò Tommaseo, gli Austriaci inaspriscono la loro presenza. Cinque uomini, colti mentre tentavano di fornire viveri ai Veneziani assediati, vengono passati per le armi a Piove, in un campo (non ancora identificato), lungo la via che conduce ad Arzerello (le salme saranno poi tumulate al Cimitero). Carestie, epidemie, miseria caratterizzano la vita delle campagne di questi decenni.